Existen algunos puntos que han sido cuestionados sobre diferentes aspectos de la cirugía laparoscópica. En algunos estudios se han comunicado alguna serie de inconvenientes de este tipo de cirugía. Así

- Ausencia de sensibilidad táctil: en la cirugía laparoscópica, el cirujano no dispone de la información que el tacto proporciona durante un procedimiento convencional. Por ello, es necesario un adiestramiento previo para este tipo de cirugía.

Existe en la actualidad un campo de estudio centrado en la adaptación de las técnicas de imagen 3D aplicadas a la videolaparoscopia.

- Tiempo quirúrgico: El tiempo de realización suele ser algo mayor en cirugía laparoscópica. Si bien, esto viene condicionado en parte por la mayor preparación que requiere este tipo de cirugía y el mayor número de aparatos utilizados durante la misma. Por otra parte, la experiencia del equipo quirúrgico permite reducir progresivamente el tiempo de la intervención hasta aproximarse a la cirugía convencional.

- Coste de la intervención: el coste del procedimiento quirúrgico en laparoscopia suele ser superior a la cirugía convencional, debido a un mayor despliegue tecnológico utilizado durante la misma, la especialización del personal quirúrgico y un mayor consumos en recursos humanos. En cambio, al evaluar el coste total durante el ingreso del paciente, la reducción del tiempo de hospitalización y de complicaciones asociadas, permite igualar e incluso reducir el coste global en el abordaje laparoscópico.

- Cirugía oncológica: la eficacia y seguridad de la laparoscopia en el tratamiento de patologías malignas como el cáncer de colon y de otros órganos abdominales ha quedado demostrado en los estudios prospectivos realizados en la última década. La cirugía laparoscópica ofrece garantías en cuanto a la radicalidad en el tratamiento frente a la patología tumoral.